そもそも、許可とは、法律用語で「一般的な禁止を特定の場合に解除し、適法に一定の行為をできるようにする」ことです。
つまり、禁止されていることを許すのが許可ですから、そもそも違法性がなく、禁止されていないのなら自由のはずです。

新聞やニュースでは少し省略して書いてあるので、あたかも、「こうのとりのゆりかご」を許可したように受け取れますが、もう少し詳しく見ていくと、医療法という法律があり、病院を開設する場合には許可が必要です。病院を開設することがそもそも禁止されている訳です。医療法には、病院として必要な開設者の基準や設備などが定めてあります。
今回、慈恵病院が熊本市に申請したのは、「病院開設許可事項変更許可申請」です。
医療法には、病院として必要な設備は定めてありますが、設置してはいけない設備などは定めてありません。
このことが、医療法などの現行法では違法性がないという判断です。
ですから、「こうのとりのゆりかご」の設置を市が許可したのではなく、医療法に基づく「病院開設許可事項変更許可申請」上、許可しない理由がなかったということです。
少し、回りくどい表現で分かりづらいと思いますが、気になったのでまとめてみました。